مقایسه کارایی یک تابع انرژی دانش‌پایه و یک تابع نیروی دانش‌پایه در نمره‌دهی کمپلکس‌های پروتئین-پروتئین
نویسندگان
چکیده مقاله:
تابع نیروی دانش‌پایه نوعی از توابع نمره‌دهی می‌باشد که از آن در زمینه تشخیص فولد پروتئین‌ها با موفقیت قابل توجهی استفاده شده است. ما در این مطالعه کارایی نوعی تابع انرژی دانش‌پایه و تابع نیروی هم ارز آن را در تشخیص کمپلکس‌های درست پروتئین-پروتئین از کمپلکس‌های نادرست، با یکدیگر مقایسه کردیم. مقدار نیروی کل که از یک جزء کمپلکس (گیرنده/لیگاند) بر جزء دیگر وارد می‌شود به عنوان معیار پایداری کمپلکس، مورد استفاده قرار گرفت. چنین انتظار می‌رود که این نیرو در ساختار طبیعی کمترین مقدار را داشته باشد. جهت ارزیابی کارایی هر روش، دو مجموعه مورد استفاده قرار گرفت که یکی از آنها با الگوریتم داکینگ جسم نرم و دیگری با الگوریتم داکینگ جسم سخت ایجاد شده بودند. نتایج حاصل از این مقایسه نشان می‌دهد نرخ موفقیت مدل انرژی در انتخاب ساختار‌های طبیعی و نزدیک به طبیعی بالاتر از روش نیرو می‌باشد. ظاهرا وابستگی مقدار نیرو به شکل ناحیه اتصال کمپلکس‌ها باعث ایجاد خطاهایی در مدل نیرو شده که سبب نامناسب گردیدن آن در نمره‌دهی کمپلکس‌های داک شده می‌شود.
منابع مشابه
مقایسه کارایی یک تابع انرژی دانش پایه و یک تابع نیروی دانش پایه در نمره دهی کمپلکس های پروتئین-پروتئین
تابع نیروی دانش پایه نوعی از توابع نمره دهی می باشد که از آن در زمینه تشخیص فولد پروتئین ها با موفقیت قابل توجهی استفاده شده است. ما در این مطالعه کارایی نوعی تابع انرژی دانش پایه و تابع نیروی هم ارز آن را در تشخیص کمپلکس های درست پروتئین-پروتئین از کمپلکس های نادرست، با یکدیگر مقایسه کردیم. مقدار نیروی کل که از یک جزء کمپلکس (گیرنده/لیگاند) بر جزء دیگر وارد می شود به عنوان معیار پایداری کمپلکس...
متن کاملمروری بر تابع هیلبرت یک ایده‌ال
در این مقاله، نتایج اثبات شده در طول پنجاه سال گذشته در ارتباط با ضرایب هیلبرت $ e_0(I) $ و $ e_1(I) $ مربوط به ایده‌ال $mm$ -اولیه I از یک حلقه موضعی کوهن-مکالی $ (R,mm) $ و رابطه آن با عمق حلقه مدرج وابسته‌ی $ gr (I) $ را بررسی می‌کنیم.
متن کاملمقایسه هضم پروتئین یک نمونه غذای صنعتی با یک نمونه غذای خانگی در موش‌‌های صحرایی نر
مقدمه و هدف: ارزیابی کیفیت پروتئین مواد غذایی به دلایل بیولوژیک و اقتصادی از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. به همین علت روش‌های بیولوژیک، میکروبیولوژیک، شیمیایی و تلفیقی برای تعیین کیفیت پروتئین‌ها معرفی شده است. با توجه به اهمیت کیفیت پروتئین غذاها، به ویژه در خانوارهای کم درآمد، این مطالعه با هدف مقایسه هضم پروتئین یک نمونه غذای صنعتی (هومانا بر پایه برنج) با یک نمونه غذای خانگی (بر پایه مخلوط ب...
متن کاملبرآورد و شبیه سازی تابع تقاضای نیروی کار در ایران
ادبیات نظری و اشتغال و بی کاری در قالب دیدگاه های مختلف اقتصادی شامل دیدگاه های کلاسیک ها، کلاسیک های جدید، کینزی ها و کینزی های جدید در کنار نظریه های «سیکل واقعی تجاری»، «جانشین بین دوره ای» و «نرخ طبیعی بی کاری»، به عوامل مؤثر بر مؤلفه های بازر کار تأکید دارد. براساس دیدگاه کلاسیک ها و کلاسی های جدید، سطح دستمزدهای واقعی و بنا بر نظریه سیکل واقعی تجاری، عوامل طرف عرضه، مهم ترین عوامل مؤثر بر...
متن کاملتعیین تابع تولید انرژی گندم آبی
این پژوهش به منظور تعیین تابع تولید انرژی گندم آبی و بررسی نقش هر یک از نهاده‌های کشاورزی از جمله آب در انرژی تولیدی، در دشت مهیار شهرستان شهرضا انجام شد. به این منظور تمامی نهاده‌های مصرفی و ستاند‌ه‌های تولیدی این محصول، از طریق جمع‌آوری اطلاعات زراعی 70 کشاورز دشت مهیار که به صورت تصادفی انتخاب شدند، گردآوری گردید. در قدم بعدی، معادل انرژی نهاده‌ها و ستانده‌ها محاسبه شد و از طریق تحلیل رگرسیو...
متن کاملتابع پاسخ فرکانسی از بدنه یک زیر دریایی
تابع پاسخ فرکانسی از بدنه یک زیر‌دریایی هادی خلیل نژاد1، محمدرضا آشوری2، احسان جمشیدی3، محمد کوکبی4 [email protected] 1 - دانشجوی کارشناسی ارشد مهندسی مکانیک، مدرس دانشکده مکانیک دانشگاه علوم دریایی امام خمینی (ره) 2- دکترای مهندسی مکانیک - دانشیار دانشگاه سمنان 3- دانشجوی دکترای مهندسی مکانیک - طراحی کاربردی دانشگاه سمنان...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 27 شماره 4
صفحات 495- 505
تاریخ انتشار 2015-02-20
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023